大学院大学是指仅设有研究生院而无本科院系的大学，日本共有4所国立、2所公立、16所私立，共计22所大学院大学。（※除了停止招生和远程教育的大学院大学以外）
大学院大学设有研究科和专攻科。单科大学院中研究科相当于专攻科，而综合大学院中每个研究科又细分为数个专攻科。
以下是各大学院大学接收留学生的情况。
大学院大学设有研究科和专攻科。单科大学院中研究科相当于专攻科，而综合大学院中每个研究科又细分为数个专攻科。
以下是各大学院大学接收留学生的情况。
| 学校类型 | 所在地区 | 大学院大学名称 | 入学条件 | |
| 国立 | 社会 | 东京都 | 政策研究大学院大学 | |
| 综合 | 神奈川县 | 综合研究大学院大学 | ||
| 科学技术 | 石川县 | 北陆先端科学技术大学院大学 | ||
| 奈良县 | 奈良先端科学技术大学院大学 | |||
| 公立 | 科学技术 | 东京都 | 产业技术大学院大学 | |
| 岐阜县 | 情报科学艺术大学院大学 | |||
| 私立 | 综合 | 新潟县 | 国际大学 | |
| 商务 | 东京都 | 事业构想大学院大学 | ||
| 东京都 | 大原大学院大学 | |||
| 东京都 | Globis 经营大学院大学 | ※需要工作经验 | ||
| 东京都 | LEC 东京 Legal Mind 大学院大学 | |||
| 新潟县 | 事业创造大学院大学 | |||
| 文化 | 东京都 | 国际佛教学大学院大学 | ||
| 东京都 | 好莱坞大学院大学 | |||
| 东京都 | 文化时尚大学院大学 | |||
| 富山县 | 桐朋学园大学院大学 | |||
| 科学技术 | 神奈川县 | 情报安全大学院大学 | ||
| 静冈县 | 光产业创成大学院大学 | ※以已获得硕士学位的学生为对象 | ||
| 京都府 | 京都情报大学院大学 | |||
| 兵库县 | 神户情报大学院大学 | |||
| 冲绳县 | 冲绳科学技术大学院大学 | |||
| 医疗 | 大阪府 | 滋庆医疗科学大学院大学 | ※以已获得日本国家资格的学生为对象 | |
| 教育 | 东京都 | 日本教育大学院大学 | ※需要教师资格，但从未招收过 | |